研究生院设院长1名，副院长2名，内设科级机构5个：学科建设与综合科、培养科、学位科、招生科、应用经济学学位教育中心。

研究生院党总支（与党委研究生工作部合署），设书记兼部长1人，不内设科级机构，按照1:200配备研究生辅导员。